La aparición de bacterias multirresistentes a antibióticos es un grave problema clínico que dificulta el control de las infecciones bacterianas. Esta situación no se debe a súbitas mutaciones en los gérmenes sino más bien a un proceso de selección natural. La multirresistencia se adquiere porque los patógenos incorporan paquetes de información genética trasmisible (los llamados plásmidos) que las bacterias intercambian por conjugación. Los plásmidos codifican enzimas que hidrolizan o modifican los antibióticos convirtiéndolos en inactivos. Inicialmente muchas bacterias eran sensibles a muchos antibióticos, y el número inicial de las que poseían plásmidos de resistencia era en cambio muy bajo.  Sin embargo, el empleo de estos agentes antimicrobianos ha provocado la paulatina desaparición de las bacterias sensibles mientras se seleccionaban las resistentes. Aunque las superbacterias eran en principio muy minoritarias, con el tiempo han llegado a representar la mayoría de la población bacteriana. La situación es por tanto consecuencia de la aniquilación de las sensibles y el predominio de las resistentes, seleccionadas por sucesivas divisiones y la eventual adquisición de plásmidos. Un reciente estudio sobre las abejas ilustra esta situación, con conclusiones que tienen relevancia para otras especies.

Las abejas producen miel y son importantes polinizadores agrícolas. A mediados del siglo pasado se introdujo en las colmenas de Estados Unidos un antibiótico de amplio espectro (tetraciclina) para evitar enfermedades causadas por bacterias en estos insectos. Se revela ahora que el intestino de la mayoría de las abejas norteamericanas contiene un elevado número de bacterias con plásmidos que confieren resistencia a la tetraciclina, en contraste con las europeas, donde no se usó el antibiótico. La composición normal de la comunidad bacteriana del intestino en abejas no tratadas (microbiota intestinal) es sorprendentemente constante y en ella predominan bacterias que contribuyen a la defensa contra parásitos y ayudan a la nutrición. Sin embargo, la exposición prolongada a antibióticos afecta de modo imprevisible la microbiota y, a largo plazo, produce alteraciones en la salud y la evolución de enfermedades. El estudio sugiere además que las bacterias seleccionadas por el antibiótico son un reservorio de genes de resistencia que pueden ser trasferidos a otras bacterias diferentes y alcanzar eventualmente otras especies.

Esto ejemplifica las limitaciones que presenta el uso indiscriminado de antibióticos y la conveniencia de utilizar al principio terapias antibióticas múltiples, en vez del empleo de un único antibiótico para reducir la probabilidad de seleccionar resistentes. Las evidencias resaltan la necesidad de desarrollar nuevas estrategias alternativas para controlar bacterias patógenas.